Homepage Volker Kiefel

Freie Software für Studium, Forschung und Lehre

Für eine Vielzahl von Fragestellungen existieren neben kommerziellen Softwareprodukten z. T. hochwertige "freie" Softwareprojekte. Bei den folgenden Links liegt der Schwerpunkt auf freier Software, die in der Regel für viele Rechnerplattformen entwickelt wurde und auch in Versionen für Windows-Systeme verfügbar ist. Der Autor dieser Webseite hat die genannten Software-Pakete (zumindest zeitweilig) erfolgreich benutzt, kann ein Funktionieren der gennanten Software-Pakete nicht garantieren.

Erzeugen, Anzeigen, Drucken, Bearbeiten von PDF- und PostScript-Dokumenten

• Erstellung von PDF-Dokumenten aus Dokumenten von win32-Programmen: PDFCreator
• Der kostenlos verfügbare Acrobat Reader zu Lesen und Drucken von PDF-Dateien stammt von einem kommerziellen Anbieter (Adobe).
• Software zur Bearbeitung von PDF-Dateien: pdftk, deutsche Dokumentation von S. Lagotzki.
• Software (Linux) zur Bearbeitung von PDF-Dateien: pdfjam (pdfnup: bringt mehrere Seiten verkleinert auf eine Seite, pdfjoin: verkettet mehrere Einzel-PDF-Dateien miteinander (ähnlich wie das psnup für PostScript-Dateien kann), pdf90: rotiert Seiten um 90 Grad). Voraussetzung: TeX-Installation mit pdfLaTeX und pdfpages.
• Auf Linux/Unix-Systemen stehen in der Regel xpdf, gv/Ghostscript und (auf Gnome-Desktops) Evince zur Verfügung.

Statistik-Pakete, Grafik (Diagramme), RDBMS, Computeralgebra

• R (GNU S), eine Arbeitsumgebung für Statistik und Graphik. Download über das CRAN (Comprehensive R Archive Network). Ein "Kochbuch" (V. Kiefel, aktualisierte Version 04.03.2018): Erste Schritte mit R für Praktiker in den Biowissenschaften (HTML), mit elementaren Beispielen aus Biologie/Medizin zum raschen Einstieg in R. Datensätze aus "The Basics of S and S-PLUS" (Krause/Olsen, Springer Verlag, 2. Aufl.) in einer R-Installation finden.
• Software zum Plotten (2D, 3D) von Funktionen und (experimentellen) Daten Gnuplot, Download per FTP. Eine Windows-Version ist von der gnuplot Projektseite herunterzuladen.
• Pari/GP: Computeralgebrasystem
• Scilab: Software-Paket für numerische Anwendungen, inoffizielle Dokumentation: Scilab-Seite der Australian National University
• Software zum Vektorisieren von Pixelgrafiken: potrace
• Programm zum Konvertieren von PNG/JPEG-Grafikdateien in das EPS-Format: bmeps.
• ImageMagick: Software zum Umwandeln von Bitmap-Grafiken; Kommandozeilen-Interface, jedoch extrem leistungsfähig!
• Photo und Bildbearbeitungsprogramm gimp, gimp für win32.
• Leistungsfähiges Vektorgrafikprogramm: Inkscape
• Relationales Datenbankmanagementsystem: MySQL.

Textsatz, Textverarbeitung

• Open Source Office-Paket OpenOffice.org (aktuelle Version: 3.2); deutsche Version auf de.openoffice.org. Eine (preiswürdige!) kommerzielle Version dieser Software ist StarOffice, (aktuelle Version: 9, Seite mit Patches, Dokumentation). Eine erweiterte OpenOffice.org-Variante ist OxygenOffice mit zusätzlichen Cliparts, Vorlagen und Fonts. Webseite mit Links auf Zusätze, Dokumentation, ``Download-Mirrors'' und weiteres: OOo42.org. Weitere Hilfen finden sich im deutschsprachigen OpenOffice.org-Wiki.
• Textsatz: TeX/LaTeX-Systeme
• Texteditoren werden zum Schreiben von reinen Textdateien benötigt. Beispiele sind EDIT unter MS-DOS und Notepad unter Windows.
  • Auf Linux-Systemen ist als einfacher Texteditor Nano empfehlenswert.
  • ein sehr einfacher Texteditor für win32-Systeme ist notepad2. Ein ebenfalls einfach zu bedienender Texteditor mittlerer Komplexität ist SciTE (Win32, Linux). Er wird z. Zt. aktiv weiterentwickelt, die aktuelle Version ist 2.03. Da die Vorgabekonfiguation teilweise etwas ungewöhnliche Einstellungen vorsieht, sollte man die entsprechenden Änderungen in der "User" Konfigurationsdatei vornehmen (so wird man vielleicht beim Schreiben von Quellcode einen ``monospaced'' Font bevorzugen, wie man dies ändert, ist im Dokument SciTEFAQ.html beschrieben), als Beispiel kann der Inhalt von SciTEUser.properties in die Textdatei, die unter der Menüoption Options/Open User Options File erreichbar ist, kopiert werden. Ein weiterer einfach zu bedienender Editor mit deutlich höherem "Komfort" ist notepad++ (Win32).
  • Ein leistungsfähiger Texteditor mit einer einfach zu bedienenden Oberfläche, der plattformunabhängig verwendet werden kann, ist jEdit (er benötigt eine installierte Java-Laufzeitumgebung).
  • In der freien Softwareszene haben sich als Texteditoren mit großem Funktionsumfang, deren Benutzung jedoch nicht so schnell zu erlernen ist, bewährt, sie sind für viele Betriebssystemplattformen verfügbar
  • Hierzu gehört VIM (Bram Molenaar). Download der Windows-Implementation von VIM: GVIM per FTP. Die Dateien gvimXX.zip und vimXX.rt.zip werden benötigt. Dabei steht XX für die aktuelle Versionsnummer (z. Zt. 72 für die aktuelle Version 7.2). Als Alternative kann neuerdings auch ein Installer verwendet werden.
  • Ein weiterer extrem leistungsfähiger Texteditor ist Emacs, der auch in einer Win32-Implementation verfügbar ist. Die allgemeine (plattformunabhängige) Dokumentation ist online zu finden, es gibt auch eine Dokumentation zum Emacs auf win32-Systemen. Emacs-bezogenes Anwenderwissen sammelt sich im EmacsWiki an. Wichtige Pakete: "Visible bookmarks in buffer" bm.el (Jo Odland). Für das Editieren von (La)TeX-Dokumenten ist das AucTeX Makropaket sehr zu empfehlen. Eine Reihe von Tips/Befehlen für die Benutzung von Emacs.
• Umwandlung von Textdateien zwischen DOS/Win32 und Unix in beide Richtungen (betrifft die Kodierung der Zeilenenden CR/LF [DOS] LF [Unix]): tofrodos (ähnlich unix2dos, dos2unix)
• "Spelling-Checker" (Rechtschreibprüfprogramm): Ispell, die relativ neue Win32-Implementation findet sich hier. Aspell: für diesen ist eine etwas ältere Win32-Implementation verfügbar. Eine neuere win32-Version ist auf der Seite "software compiled for win32 systems" dieser Homepage verfügbar. Vim enthält seit der Version 7.0 eine eingebaute Rechtschreibprüfung. Für Emacs auf win32-Systemen empfiehlt sich die Installation von Aspell.
• Bibliographie-Software (Open Source): References.

Bioinformatik

• BioPerl-Projekt
• Liste von Bioinformatik Software-Paketen
• REBASE: The restriction enzyme database
• Eintrag zu Bioinformatics in Wikipedia

Compiler, Interpreter für Software, die selbst geschrieben oder im Quellcode beschafft wird

• Eine Windows-Implementation des C/C++-Compilers GCC: MinGW.
• Eine Windows-Implementation der Skriptsprache Perl (ActivePerl), weitere Informationen und Materialien zu Perl: CPAN. Weitere Win32-Implementationen von Perl. Wichtige Perl-Webseiten: www.perl.org, www.perl.org, Newsgroups: comp.lang.perl.misc, perl.beginners, comp.lang.perl.modules, de.comp.lang.perl.misc.
• Eine freie Pascal-Implementation ist Freepascal.
• Die GNU-Implementation der Skriptsprache AWK (GAWK): Quellcode der aktuellen Version (gawk-3.1.6.tar.gz) verfügbar per FTP, mit der MinGW-Implementation des gcc kompilierte ausführbare Dateien für Win32-Systeme (gawk.exe, pgawk.exe). Es existiert eine weitere Win32-Version, die im Rahmen des Gnuwin32-Projekts veröffentlicht wurde. Eine Dokumentation von gawk ist online verfügbar, eine weitere ausführliche Beschreibung stammt von T. Birnthaler. Das von B. Kernighan entwickelte ursprüngliche AWK gibt es ebenso in einer Win32-Version.
• Skriptsprache Python (mit Win32- Implementation)
• Skriptsprache Lua (Win32-Implementation)

Verschiedenes

• Web-Browser, Mail-Programme: Firefox, Thunderbird, Seamonkey (Folgeprojekt der Mozilla-Programmzusammenstellung).
• Freie Archiverungssoftware für das Zip-Format Info-Zip.
• Kommandozeilen-Software zum Downloaden wget, Implementation für Win32 (wget-N.N[.N]b.zip und ssllibsNNNb.zip werden benötigt); eine komplettes Archiv (mit dlls) findet sich in wget-1.9.1b-complete.zip; Dokumentation von wget.
• FTP-client mit grafischer Oberfläche Filezilla,
• FTP-client mit Kommandozeilen-Oberfläche ncFTP,
• Kommandozeilen-Software für den Dateitransfer cURL (geeignet zum "Upload" und "Download").
• HTML-Validierungstool Tidy.

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