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20  Anhang

20.1  Hinweise für R unter Linux

20.1.1  Installation

Das Basisprogramm wird für einige Linux-Distributionen in fertig kompilierter Form angeboten . Die Installation wird am Shell-Prompt mit den Kommandos6
 sudo apt-get install r-base 
 sudo apt-get install r-recommended 

ausgelöst.
Zur Installation von Pakete besorgt man sich von der CRAN-Webseite die entsprechenden Quellcodedateien (.tar.gz) und installiert am Shell-Prompt (z.B. combinat_0.0-6.tar.gz)
   R CMD INSTALL combinat_0.0-6.tar.gz

was funktioniert, wenn sich die notwendigen Entwicklungswerkzeuge einschließlich gcc und Fortran-Compiler auf dem Linux-System befinden. Außerdem sollten sich die Bibliotheken an der Stelle nach einer typischen Installation befinden (Einzelheiten s. Installationsanleitung).

20.1.2  R konfigurieren

Das Verhalten von R kann durch den Befehl options() beeinflußt werden, dessen Argument eine Liste von Zuweisungen im Format ,,variable=wert'' enthält.Will man beispielsweise einen anderen Browser (SeaMonkey) für die Anzeige der Hilfedateien definieren, so kann das (Beispiel für Linux) unter Verwendung des nach chromium mit
  options(browser="/usr/bin/chromium-browser") 

,,von Hand'' geschehen, während R läuft. Wenn man dagegen eine Konfigurationsdatei anlegen will, um dies vor dem Start des Programms einzutragen, kann das in Rprofile.site im etc-Unterverzeichnis geschehen. Weitere Optionen zu Konfigurationsdateien sind im Abschnitt ,,Customizing the environment'' im Kapitel ,,Writing your own functions'' des Begleitdokuments ,,An introduction to R'' beschrieben.

20.1.3  PDF-, PostScript- und EPS-Dateien von Abbildungen erstellen.

Unter Windows kann eine Grafikdatei mit dem Menü des Grafikfensters gespeichert werden. Um eine EPS-Datei mit der Linux-Implementation von R zu erstellen, wird die Grafik im Grafikfenster erzeugt mit einem dazu geeigneten Befehl, dann am R-Prompt
   dev.copy2eps()

eingegeben. Es wird dann eine Datei mit dem Namen Rplot.eps angelegt. Um eine PostScript-Datei (Name: foo.ps) zu erzeugen, ist vor dem Aufruf des Bildes
   postscript("foo.ps")

einzugeben, das Bild mit dem geeigneten Aufruf zu erzeugen und anschließend mit
   dev.off()

der PostScript-Ausgabeprozeß zu schließen. Ähnlich kann eine Grafik in eine PDF-Datei (aus.pdf) geschrieben werden:
  pdf("aus.pdf")

Befehle eingeben, um die PDF-Datei zu erzeugen, mit
   dev.off()

den Ausgabeprozeß schließen.

20.2  Allgemeine Befehle

Der Befehl library() zeigt die Liste der verfügbaren Bibliotheken an, mit library(MASS) wird die Library MASS geladen. Mit data() wird die Liste der Datensätze angezeigt, data(geyser) lädt und geyser zeigt die Daten zu geyser.
Ermitteln des aktuellen Arbeitsverzeichnisses: getwd(), wechseln des aktuellen Verzeichnisses: setwd("LW:/verzeichnis"). Mit list.files() werden die Dateien im aktuellen Verzeichnis angezeigt.
Es empfiehlt sich bei der Arbeit mit R, den Quellcode im Texteditor zu bearbeiten und zum Ausführen den abgespeicherten Quellcode auszuführen: source("scatter1.r"). Wenn der auzuführende Code ausgedruckt werden soll, geschieht das mit source("scatter1.r", echo=T). Wenn der ausgedruckte Quellcode ohne Prompt erscheinen soll, geben Sie bitte source("scatter1.r", echo=T,prompt.echo="") ein.

20.3  Einstellen von Optionen des Systems

Beim Start ist die Anzeige der ,,nackten'' Hilfedatein etwas unkomfortabel. Die ,,Compiled-HTML-Hilfe'' kann als Vorgabe eingestellt werden mit:
options(htmlhelp=T)

Eine Option kann dann abgefragt werden mit z. B.:
getOption('chmhelp')
[1] TRUE

Wenn die Genauigkeit des Systems bei der Ausgabe von Resultaten geändert werden soll, kann das mit
options(digits=20)

geschehen.

20.4  Textdarstellung von R-Objekten als Textdatei speichern und wieder einlesen

Die Datei morley.tab werde eingelesen mit
mm <- read.table("morley.tab")

mit mm können dann die Daten angesehen werden. Der Vektor
a <- c(1, 2, 3)

und mm sollen in eine Textdatellung von R-Objekten geschrieben werden:
dump(c("mm","a"), file = "mm.dat")

Mit
source("mm.dat")

werden dann beide Objekte wieder eingelesen.

20.5  Datendateien für R formatieren

Das folgende awk-Skript in Abschnitt 20.6.1 erlaubt die Umwandlung einer Datendatei in das Format für R (es wurde für gawk, die GNU-Implementation von awk geschrieben).

20.6  Quellcodes

20.6.1  ToR.awk

BEGIN {
  i = 1
}

{
  a = $0
  if (i == 1)
  {
       printf("      %s\n", a)
  }
  else if (i > 1)
  {
     if (length(a) > 0)
     {
       printf("%-4i  %s\n",i-1, a)
     }
  }
  i++
}

Der Aufruf schreibt den Inhalt von input.txt formatiert in out.dat.
gawk -f ToR.awk input.txt > out.dat

benutzt werden.

20.6.2  Perc.R

#
# perc(arr, pc.wert) returns the `pc.wert's percentile of the data
# in the vecctor `arr'
# Reference: Reed et al., Clinical Chemistry 1971:17(4);275-84
#
perc <- function(arr, pc.wert) {
   neu <- arr
   neu <- sort(neu)
   n <- length(neu)
   exakt.perz <- (n+1)*pc.wert/100
   hilfswert <- floor(exakt.perz);
   untergr <- neu[hilfswert];
   obergr <- neu[hilfswert + 1];
   if ((hilfswert < 1) || ((hilfswert+1) > n))
   {
      print("Percentile is out of range");
      return(invisible())
   }
   perzentil <- untergr + (obergr - untergr)*(exakt.perz - floor(exakt.perz))
   return(perzentil)
}



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